Articles scientifiques
> Avril 2020
- Titre: Genetic algorithms identify individuals with high risk of severe liver disease caused by schistosomes.
- Publié dans:Human Genetics. 2020 Apr 10 (Impact factor 4,61 en 2019)
- Auteurs: Hélia Dessein, Nicolas Duflot, Audrey Romano, Christopher Opio, Valeria Pereira, Carla Mola, Narcis Kabaterene, Ana Coutinho, Alain Dessein
- DOI:10.1007/s00439-020-02160-4
Abstract: Schistosomes induce severe hepatic disease, which is fatal in 2-10% of cases, mortality being higher in cases of co-infection with HBV or HCV. Hepatic disease occurs as a consequence of the chronic inflammation caused by schistosome eggs trapped in liver sinusoids. In certain individuals, the repair process leads to a massive accumulation of fibrosis in the periportal spaces. We and others have shown that genetic variants play a crucial role in disease progression from mild to severe fibrosis and explain why hepatic fibrosis progresses rapidly in certain subjects only. We will review here published findings concerning the strategies that have been used in the analysis of hepatic fibrosis in schistosome-infected individuals, the genetic variants that have associated with fibrosis, and variants in new pathways crucial for fibrosis progression. Together, these studies show that the development of fibrosis is under the tight genetic control of various common variants with moderate effects. This polygenic control has made it possible to develop models that identify schistosome-infected individual at risk of severe hepatic disease. We discuss the performances and limitations of these models.
> Novembre 2018
- Titre: Canals as ecological corridors and hybridization zones for two cyprinid species
- Publié dans: Hydrobiologia, March 2019, Volume 830, Issue 1, pp 1–16 (Impact Factor: 2.165 en 2019)
- Auteurs: Emmanuel Guivier, André Gilles, Nicolas Pech, Nicolas Duflot, Laurence Tissot, Rémi Chappaz
- DOI: 10.1007/s10750-018-3843-1
Abstract: Predicted increases in the human population, in a context of climatic change and limiting freshwater resources, have raised awareness of the need to preserve aquatic ecosystems, their functions, and the biodiversity they harbor. The ecological reconciliation approach proposes the long-term co-existence of biodiversity preservation and the development of human activities. We investigated the ecological and evolutionary contributions of irrigation and hydroelectric canals in the highly fragmented and regulated Durance River (Rhône basin, Southern France), to the genetic diversity patterns of two interbreeding cyprinid species, the native Parachondrostoma toxostoma, and the introduced Chondrostoma nasus species. We observed a high degree of genetic homogeneity along the length of the river. The maintenance of gene flow despite the presence of dams, and the detection of admixed populations and hybridization events in canals suggest that these canals may act as ecological corridors and hybrid zones with the potential to influence genetic resources for the native and introduced species. These anthropogenic structures vary considerably in terms of their spatial organization, size, and overall management, increasing habitat diversity in the urbanized section of river. Together with the restoration of natural habitats, canals can be considered as important structures for biodiversity dynamic in such urban conditions.
Posters
> Mars 2015
- Type de publication: Poster
- Titre: Genetic predisposition to abnormal wound healing.
- Auteurs: Nicolas Duflot, Sandrine Cabantous, Laurent Argiro, David Gonelli, Charlotte Jaloux, Dominique Casanova, Alain Dessein.
- Publié dans: 23rb Annual meeting of the Doctoral School in Biology and Health sciences.
Résumé: L’introduction d’une espèce invasive dans un nouvel environnement peut induire d’importants changements dans la communauté endémique, notamment dans les écosystèmes aquatiques. Une introduction deviendra une invasion lorsque cette espèce, une fois acclimatée, se propagera et interagira (le plus souvent négativement) avec les espèces endémiques.
Les programmes de conservation ont pour objectif de limiter ces introductions bien que cela soit très difficile à mettre en œuvre dans le cas des milieux aquatiques extrêmement ramifiés. C’est dans cette optique que l’écologie de la réconciliation a vu le jour. Son but est de conserver la biodiversité tout en tenant compte des activités et structures humaines. Elle se focalise alors sur la protection des affluents (généralement moins perturbés) et sur la recherche de nouveaux habitats (habitats analogues) comme les canaux agricoles, les lacs de barrages, etc.
Notre étude porte sur le hotu, Chondrostoma nasus, espèce introduite dans le Rhône en 1880, qui s’est propagé dans tout le bassin au cours des 19e et 20e siècles. En 1945, dans le Rhône, l’espèce invasive est clairement identifiée en présence de l’espèce endémique le toxostome Parachondrostoma toxostoma, puis dans la Drôme en 1954 et dans l’Ardèche en 1956, et ce bien avant les grands aménagements hydroélectriques. Depuis cette période, les deux espèces s’hybrident de façon plus ou moins intense dans les rivières où elles cohabitent.
Nous présentons pour la première fois une base de données génétiques (ADN mitochondrial et nucléaire) pour différentes populations du Rhône de C. nasus, P. toxostoma ainsi que leurs hybrides. Nous montrons clairement les environnements qui sont les plus sensibles à l’hybridation et nous comparons les données génétiques aux données de densité qui ont été estimées par l’ONEMA depuis 10 ans. Cette approche a pour but de proposer des outils d’aide à la gestion en permettant de prendre en compte aussi bien des données de démographie que de diversité génétique dans une optique de conservation de la biodiversité à long terme.
> Juin 2015
- Type de publication: Poster
- Titre: L’anthropisation génère-t-elle une nouvelle diversité génétique dans le réseau hydrogéographique du Rhône ?
- Auteurs: PECH Nicolas, DUFLOT Nicolas, COSTEDOAT Caroline, ASPE Chantal, CHAPPAZ Rémi, CARREL Georges, DUBUT Vincent, GRENIER Rémi, JACQUET Marie, SINAMA Melthide & GILLES André.
- Publié dans: VIe Rencontres de l’Ichtyologie en France (RIF 2015).
Abstract: Keloid are abnormal skin scars that are characterized by long persistence (more than 2 years) and a growth beyond the margin of the wound. Histologically, they are also characterized by intense deposition of extra cellular matrix protein in the dermis and the presence of Alpha2 myo-fibroblasts.
The reasons of such overgrowth and persistence are not well understood. It has been reported a high frequency of keloids in certain families and ethnic groups suggesting genetic predisposition. Such genetic predisposition began to be analyzed including using GWAS.
The objectives of our project are to uncover the principal metabolic pathways involved in the development of the keloids and to identify biological markers predictive of keloids development.
