DUFLOT Nicolas

Domaines et compétences

  • Programmation en langage Python, Bash (Commandes UNIX) et SQL.
  • Mise en place d'interfaces WEB en python CGI et HTML.
  • Utilisation Linux, Windows et Apple/Mac.
  • Compétences en génomique & génétique, Bio-informatique: Analyse et de données génomiques NGS, transcriptôme & génotypes à des fins prédictives.
  • Manipulation en laboratoire: Extraction d'ADN/ARN, RT/Q PCR, génotypage et utilisation de robot de pipetage.
  • Administration & Maintenance de serveurs UNIX/Linux dans le cadre d’hébergement de services et de calcul scientifique.
  • Hardware : conception et montage de serveurs et d'ordinateurs.
  • Notion en électricité et électronique.



Diplômes

  • Doctorant en Bio-informatique & Génétique, spécialité pathologie humaine.
    Faculté de médecine Timone.

  • 2013 - Master recherche Bio-informatique, Biochimie Structurale et Génomique.
    Aix Marseille Université. (Détail Master BBSG)

  • 2011 - Licence Sciences de la Terre et de l’Environnement.
    Parcours Biologie, Evolution, Environnement. (Détail Licence STE)
    Université de Provence – Aix-Marseille I.

  • 2008 - baccalauréat Série S option physique chimie Mention AB.
    Lycée Lacordaire, Marseille 13e.

Données personnèlles

  • 30 ans, marié.
  • Permis B et véhicule à disposition.
  • Anglais usage professionnel.
  • Sports: Ski (3eme étoile), natation, randonnée pédestre, camping.
  • Photographie.

Parcours professionnel

Mai 2017 – CDI

  • Entreprise: Bilhi Genetics (anciennement Genepred Biotechnologies)
  • Poste: Chargé de projet Recherche & Développement
  • Projet principal: Développement du tests de diagnostic génétique Bilhi Skin visant à prédire les fibroses de la peau de type chéloïde.

Mai 2014, 2017 – CDD 3 ans

  • Entreprise: Genepred Biotechnologies
  • Laboratoire d’accueil: Génétique et Immunologie des maladies parasitaires - INSERM U906 - Faculté de médecine Timone
  • Poste: Doctorant / Ingénieur en Bio-informatique & Génétique spécialisé en pathologie humaine
  • Sujet de thèse: Analyse génétique et Bio-informatique des cicatrisations anormales de la peau et des mécanismes biologiques associés

    • Traitement de données transcriptômes puces à ADN Agilent (R, Ingenuity Pathway Analysis, TMev, GeneSpring).
    • Génotypage par Assay TaqMan (Applied Biosystems 7900HT) et Sequenom.
    • Extractions ARN/ADN à partir de biopsies & sang.
    • Quantification de niveaux d'expression par RT PCR et Q PCR.
    • Fonction de correspondant informatique INSERM.
    • Mise en place du parc informatique de Genepred (gestion & paramétrage réseau, routeurs, NAS).

Septembre, Novembre 2013 – CDD 3 mois

  • Laboratoire: Institut Méditerranéen de Biodiversité et d'Ecologie marine et continentale - IMBE UMR CNRS 7263-IRD 237
  • Poste: Ingénieur d'étude en développement d'application.
  • Travaux réalisés:

    • Développement d'une interface web en Python CGI associé à la base de donnée Eco-génomique mise en place à la suite du stage de M2
    • Amélioration de la performance des outils de cartographie Géo-génétique

Stages

2013 – Stage 6 mois

  • Laboratoire: Institut Méditerranéen de Biodiversité et d'Ecologie marine et continentale - IMBE UMR CNRS 7263-IRD 237
  • Poste: Stage de Master 2
  • Sujet du stage: Base de données et génétique spatialisée pour connaître l’impact sur la biodiversité des zones hybrides.

    • Conception et mise en place d'une base de donnée moléculaire et écologique avec interface de gestion (Python GTK).
    • Conception et mise en place d'un serveur Genepop local au laboratoire avec outil d'interface.
    • Conception et automatisation de la cartographie des données moléculaires et écologiques de la base de donnée

2012 – Stage 1 semaine

  • Laboratoire: Institut Paoli-Calmettes
  • Poste: Stage de Master 2
  • Sujet du stage: Extraction et amplification d’ADN génomique humain, amplification par PCR d’un marqueur micro-satellite et du promoteur d’un gène. Analyse de la taille des fragments et séquençage par la méthode Sanger.

2012 – Stage 7 semaines

  • Laboratoire: Institut Méditerranéen de Biodiversité et d'Ecologie marine et continentale - IMBE UMR CNRS 7263-IRD 237
  • Poste: Stage de Master 1
  • Sujet du stage: Traitement de données génomiques (NGS, Solexa/Illumina) dans le cadre de l’étude transcriptomique et de la cartographie chromosomique chez Danio rerio & Chondrostoma nasus à l'Institut Méditerranéen de Biodiversité et d'Ecologie marine et continentale.