DUFLOT Nicolas
Domaines et compétences
- Programmation en langage Python, Bash (Commandes UNIX) et SQL.
- Mise en place d'interfaces WEB en python CGI et HTML.
- Utilisation Linux, Windows et Apple/Mac.
- Compétences en génomique & génétique, Bio-informatique: Analyse et de données génomiques NGS, transcriptôme & génotypes à des fins prédictives.
- Manipulation en laboratoire: Extraction d'ADN/ARN, RT/Q PCR, génotypage et utilisation de robot de pipetage.
- Administration & Maintenance de serveurs UNIX/Linux dans le cadre d’hébergement de services et de calcul scientifique.
- Hardware : conception et montage de serveurs et d'ordinateurs.
- Notion en électricité et électronique.


Diplômes
- Doctorant en Bio-informatique & Génétique, spécialité pathologie humaine.
Faculté de médecine Timone. - 2013 - Master recherche Bio-informatique, Biochimie Structurale et Génomique.
Aix Marseille Université. (Détail Master BBSG) - 2011 - Licence Sciences de la Terre et de l’Environnement.
Parcours Biologie, Evolution, Environnement. (Détail Licence STE)
Université de Provence – Aix-Marseille I. - 2008 - baccalauréat Série S option physique chimie Mention AB.
Lycée Lacordaire, Marseille 13e.
Données personnèlles
- 30 ans, marié.
- Permis B et véhicule à disposition.
- Anglais usage professionnel.
- Sports: Ski (3eme étoile), natation, randonnée pédestre, camping.
- Photographie.
Parcours professionnel
Mai 2017 – CDI
- Entreprise: Bilhi Genetics (anciennement Genepred Biotechnologies)
- Poste: Chargé de projet Recherche & Développement
- Projet principal: Développement du tests de diagnostic génétique Bilhi Skin visant à prédire les fibroses de la peau de type chéloïde.
Mai 2014, 2017 – CDD 3 ans
- Entreprise: Genepred Biotechnologies
- Laboratoire d’accueil: Génétique et Immunologie des maladies parasitaires - INSERM U906 - Faculté de médecine Timone
- Poste: Doctorant / Ingénieur en Bio-informatique & Génétique spécialisé en pathologie humaine
- Sujet de thèse: Analyse génétique et Bio-informatique des cicatrisations anormales de la peau et des mécanismes biologiques associés
- Traitement de données transcriptômes puces à ADN Agilent (R, Ingenuity Pathway Analysis, TMev, GeneSpring).
- Génotypage par Assay TaqMan (Applied Biosystems 7900HT) et Sequenom.
- Extractions ARN/ADN à partir de biopsies & sang.
- Quantification de niveaux d'expression par RT PCR et Q PCR.
- Fonction de correspondant informatique INSERM.
- Mise en place du parc informatique de Genepred (gestion & paramétrage réseau, routeurs, NAS).
Septembre, Novembre 2013 – CDD 3 mois
- Laboratoire: Institut Méditerranéen de Biodiversité et d'Ecologie marine et continentale - IMBE UMR CNRS 7263-IRD 237
- Poste: Ingénieur d'étude en développement d'application.
- Travaux réalisés:
- Développement d'une interface web en Python CGI associé à la base de donnée Eco-génomique mise en place à la suite du stage de M2
- Amélioration de la performance des outils de cartographie Géo-génétique
Stages
2013 – Stage 6 mois
- Laboratoire: Institut Méditerranéen de Biodiversité et d'Ecologie marine et continentale - IMBE UMR CNRS 7263-IRD 237
- Poste: Stage de Master 2
- Sujet du stage: Base de données et génétique spatialisée pour connaître l’impact sur la biodiversité des zones hybrides.
- Conception et mise en place d'une base de donnée moléculaire et écologique avec interface de gestion (Python GTK).
- Conception et mise en place d'un serveur Genepop local au laboratoire avec outil d'interface.
- Conception et automatisation de la cartographie des données moléculaires et écologiques de la base de donnée
2012 – Stage 1 semaine
- Laboratoire: Institut Paoli-Calmettes
- Poste: Stage de Master 2
- Sujet du stage: Extraction et amplification d’ADN génomique humain, amplification par PCR d’un marqueur micro-satellite et du promoteur d’un gène. Analyse de la taille des fragments et séquençage par la méthode Sanger.
2012 – Stage 7 semaines
- Laboratoire: Institut Méditerranéen de Biodiversité et d'Ecologie marine et continentale - IMBE UMR CNRS 7263-IRD 237
- Poste: Stage de Master 1
- Sujet du stage: Traitement de données génomiques (NGS, Solexa/Illumina) dans le cadre de l’étude transcriptomique et de la cartographie chromosomique chez Danio rerio & Chondrostoma nasus à l'Institut Méditerranéen de Biodiversité et d'Ecologie marine et continentale.